شناخت عوامل عفونی میکروبی با استفاده از روش های کشت یا مشاهده مستقیم، همچنین بررسی آنتی بیوتیک های موثر بر عامل عفونی مهاجم از مهمترین  عملکردهای بخش میکروب شناسی می باشد .